Chiusa tra i monti della Meta ad Est e delle Mainarde a Sud-Ovest, la Val di Comino è ricca di scenari naturali, foreste, fiori e animali che evocano un mondo selvaggio e misterioso, fatto di declivi arrotondati e aspre pareti scoscese. La natura calcarea delle rocce è particolarmente visibile grazie alla presenza di doline, cavità estese in profondità e in larghezza. Altro fenomeno che ha contribuito alla fisionomia della Valle è il glacialismo, che a partire da 200 mila anni fa, ha lasciato un'inconfondibile impronta nei depositi morenici e nei circhi glaciali che formano le testate delle valli più alte. Sull'aspetto esterno della Valle influiscono i corsi fluviali, capaci di incidere la pianura e di disegnare ampie vallate dai monti ove sgorgano. Tra i fiumi di maggior importanza ne ricordiamo il Melfa e il Fibreno.

Numerose sono le specie vegetali. A quote minori è presente una rada vegetazione tipica dell'ambiente mediterraneo come le ginestre (Spartium junceum) e il leccio (Quercus ilex). La maggior parte delle basse quote sono occupate da campi coltivati, unica isola di naturalità, anche se molto frastagliata, è rappresentata dalla vegetazione che borda i fiumi con possibile presenza di canne palustri (Phragmites australis), tife (Typha latifoglia), salici (Salix sp.), pioppi (Populus sp.) e tamerici (Tamarix sp.).

Menzione speciale merita il lago di Posta Fibreno, nel cui fondo si trova una vera e propria foresta subacquea ad alghe. Avvicinandoci al bordo incontriamo la canna palustre, la canna domestica (Arundo donax), l'erba sega comune (Lycopus europeaus), la canapa acquatica (Eupatorium cannabinus), la menta acquatica (Mentha aquatica), il dulcamaro (Solanum dulcamara). Tra le specie da segnalare, la felce palustre (Thelypteris palustris), la coda di cavallo acquatica (Hippuris vulgaris), alcune brasche (Groenlandia densa, Potamogeton pectinatus, Potamogeton polyfolius, Potamogeton crispis) e il giunco subnodoso (Juncus subnodosus).

Circa un quarto del territorio (14.829 ettari) è ricoperto da boschi, ed essi sono concentrati per la maggior parte a quote superiori ai 700 metri, dove l'influenza antropica si riduce fino a scomparire. Dove le terre non sono più coltivate - dai 700 ai 1000 metri - si hanno dei querceti caducifogli a roverella (Quercus pubescens) e a rovere (Quercus petraea) che si uniscono, dagli 800 metri, al carpino orientale (Carpinus orientalis), alla carpinella (Ostrya carpinifolia), al nocciolo (Corylus avellana), all'orniello (Fraxinus ornus) e alla sanguinella (Cornus sanguinea). Tra le specie erbacee vi è l'asparago (Asparagus officinale), l'elleboro (Helleborus foetidus) e la bella vesparia (Ophris apifera).